أما المقصورة التى دفن بها محمد على باشا
فإنها تقع فى الركن الجنوبى الغربى للجامع
وهى عبارة عن مقصورة نحاسية مذهبة
جمعت بين الزخارف العربية والتركية والمصرية
يتوسطها تركيبة رخامية بها قبر محمد على باشا
وقد بطنت الجدران الداخلية للمقصورة
بالحرير الأخضر الفاخر
ومن مميزات هذه المقصورة
أنها كاتمة للصوت
بحيث أن من يقرأ القرآن بداخل المقصورة
لا يسمعه من بالخارج.
[size=25]ومن الباب الذى يتوسط الجدار الغربي للمسجد
يتوصل إلى الصحن
وهو فناء كبير مساحته 53 مترا * 54 مترا
يحيط به أربعة أروقة
ذات عقود محمولة على أعمدة رخامية
تحمل قبابا صغيرة زخرفت من الداخل بالزخارف الملونة
ومغشاة من الخارج بألواح من الرصاص مثل القبة الكبيرة
أما الجهة الشرقية فتشرف على الجامع
ومكتوب على أعتاب الشبابيك
آيات من القرآن الكريم بالخط الفارسي
وبوسط الصحن
الميضأة أو الفوارة
وهى عبارة عن قبة أنشئت سنة 1263هـ
مقامة على ثمانية أعمدة من الرخام
تحمل عقودا تكون شكلا منشورا ثماني الأضلاع
فوقه رفرف به زخارف بارزة
ويتوسط هذه القبة قبة أخرى رخامية مثمنة الشكل
نقش على أضلاعها عناقيد العنب
وبها آية قرأنية بالخط الفارسي
ويتوسط الرواق الغربي بالصحن
برج من النحاس المخرم والزجاج الملون
بداخله ساعة أهداها
لويس فيليب ملك فرنسا
لمحمد على باشا سنة 1845م
مقابل المسلة الفرعونية التى تجمل ميدان الكونكورد فى باريس حاليا